京都大学现共有10个学部，各学部所属系科及附属设施有文学部，含文学、史学、哲学及人际学4系，共51个讲座，并设有文学博物馆、中亚研究所等；教育学部，含教育学、社会学、心理学3系共14个讲座；法学部，仅有法律学一个系含公法、民刑法、基础法学及政治学4科共39个讲座，附属图书馆中设国际政治法律文献中心；经济学部，含经济学、经营学2系共11个讲座；理学部，为京都大学最大的学部之一，几乎包括自然科学各个领域，即有数、理、化、生、宇宙、地球科学等9个系共70个讲座，各系既相互独立又相互交叉，设施有两个天文台，8个火山、地震、气候、天体学等方面的观测所，4个海洋实验所，一个植物园等；医学部，含有基础和临床两大分部的若干系科共有39个讲座，附属机构有校医院，脑神经研究、免疫学研究设施，人体先天异常标本中心，综合解剖中心，动物实验设施等。工学部，是京都大学最庞大的学部，含24个系168个讲座，研究领域涉及冶金、电气、自动化、航空、机械、原子能、土木建筑、化工、交通、情报工程等，附属机构有离子工程，自动化研究所、环境微量污染防治、重质炭资源转换等工程研究设施；药学部，含药学、制药化学两系共13个讲座，附设药用植物园；农学部，含10个系53个讲座，并有附属农场、林场、牧场、及供农学研究、亚热带作物、水产、细胞培养、农业会计等方面进行研究的设施等。