全校共有10多个研究所化学研究所、人文科学研究所、原子能研究所、木材研究所、粮食科学研究所、灾害防治研究所、基础物理研究、病毒研究所、经济研究所、数理分析研究所、核反应堆实验所、灵长类动物研究所为全国共同利用研究所。此外，还有东南亚研究所、大型计算机中心，放射生物研究中心、超高层电波研究中心、螺旋质普仪核聚变研究中心、放射性同位素综合研究中心、环境保护中心、情报处理教育中心、医用高分子研究中心、非洲地域研究中心，保健管理中心、体育指导中心、考古研究中心等13个全校性的研究机构，其中大型计算机中心、放射生物研究中心、超高层电波研究中心为全国共同利用的研究设施。