京都大学自古以来就有独立自主办学的优良传统，建校初始，当时的文部大臣和京都大学的首任校长木下广次就强调京都大学一定要办出自己的特色。要“比东大更尊重学生的独立自主精神”。1913年，抗议校长独断专行的“柳泽事件”，导致了校长选举制度的产生；1928年，法学部泷川教授被解雇引起全校沸腾，抗议军国主义践踏民主和对爱国教师的迫害。为了探求真理就要争取自由研究的权利，同样也只有有了这种权利才能保证自由学风的实行。有的京大学生说：“在这里学习有种自由感，校方在学习和生活上从不施加过多的压力，有志者致学，无志者尽兴，各听其便，互不干扰。”因此，日本国内就有一种流行的说法：“想读书就去京大。”这种学风体现在教学上就是弹性的管理原则，全校实行选课制，这个制度是法学部在20年前创设的。据此学生可以打破学年的界限，只要取得规定的学分就可以毕业，且取得学分不一定要经过考试，撰写论文报告亦可取得学分。以理学部为例，在两年的专业课程的学习中，由学生自己选择最适合的专业基础课程组合学习，然后再确定重点专业方向。专业基础课程组合分为数学类、物理类、化学类、生物类四大块，由学生任选一块。两年专业课程组合分下列四种类型搭配：自然科学展望、共同基础学科、专业基础、专业课。对外来的留学生、本科生实行自由转学和互换学分的制度。

　　自由的学习气氛和严谨的学风并不矛盾，学校始终认为：学习是自愿自觉的行动，要靠自己的责任感和不懈的努力，京大的特色就是要培养具有独立思考和判断能力的人。因而在这种学术氛围里用不着担心这种“过分”的弹性会导致放任自流。事实上，在京大要想拿到学位要比其他学校（包括东大）困难得多。

　　同时，京都大学位于日本历代的古都，有着悠久的日本传统历史和文化；远离首都的政治中心和繁华的大城市，为学者准备了潜心治学的理想场所；优美的校园自然环境；京都人那种“优哉游哉”的生活方式，这些独特的学术环境与京都大学成果累累、人才荟萃都是分不开的。