滑铁卢大学有六个学院，分别为医疗科学院、文学院、数学学院、工程学院、理学院、环境学学院。其他教学单位包括研究生院、药剂学、眼科视光学和社会工作等研究中心。加拿大最大的环境学研究学院。学院学校共授予100多种本科学位专业，28种硕士及博士学位专业。其中以工程学院和数学学院最为著名。除开在滑铁卢市的主校区外，该校的建筑学学院位于剑桥市的Cambridge校区，Michael G. DeGroote医学院位于Kitchener市，与麦克马斯特大学共用。

　　该校作为加拿大重要的高等教育学校，拥有众多科研机构，包括：

　　会计研究与教育中心、应用保健研究中心、信息理论中心、分子束与激光化学中心、新牛津英语词典中心（用计算机编辑）、职业写作中心、“社会、技术与价值中心”、圭尔夫/滑铁卢生物技术中心、遗传资源中心、计算机研究所、地下水研究所、提高质量与生产率研究所、高分子研究所、风险研究所、多孔介质研究组、第四纪科学研究所、太阳热工程中心、滑铁卢纳米技术研究所、滑铁卢人文研究团体、滑铁卢计算机集成电路制造中心、滑大过程开发中心、滑铁卢核磁共振中心，滑铁卢研究所，滑铁卢量子及纳米计算机研究中心。